Fluvius is ontstaan in 2010 op basis van het Bestuursakkoord Water als samenwerking in de waterketen (met name riolering en rioolwaterzuivering) van gemeenten Midden-Drenthe, Hoogeveen, De Wolden, Westerveld, Meppel en Steenwijkerland en het Waterschap Drents Overijsselse Delta.

De werkregio Fluvius werkt daarnaast sinds 2018 samen in de opgave klimaatadaptatie met provincies Drenthe en Overijssel, waarbij in 2024 ook de waterbedrijven WMD en Vitens zijn toegetreden. Met de werkregio Fluvius wordt dus bedoeld: de waterketen-partners én provincies Drenthe, Overijssel en de waterbedrijven. Fluvius is één van de 45 DPRA werkregio’s in ons land en maakt onderdeel uit van Stroomgebied Rijn-Oost.